福州大学档案馆于2010年9月成立，负责对全校党群、行政、教学、科研、基建、财会、出版物、声像、实物等门类档案收集、整理、保管、鉴定、统计及提供利用等工作。其前身福州大学综合档案室，成立于1986年，属科级建制单位，隶属校长办公室管理。2000年，学校机构改革后，综合档案室挂靠校长办公室。

档案馆现有工作人员7人，博士1人，硕士1人，本科4人，高级职称2人，中级职称3人，初级职称2人，拥有一支结构合理、多学科知识背景的档案专业人才队伍，为档案馆各项建设提供了坚实的保障。学校兼职档案人员80多人，负责机关各部（处）、各学院档案材料的收集、整理和归档工作。

档案馆建筑面积1500多平方米，其中库房面积1200多平方米，拥有办公用房、档案工作间、阅览室、计算机机房等300多平方米，实现了办公室、阅览室和档案库房的独立功能。档案馆藏种类丰富，收藏1958年建校至今60多年的各类档案。

库房配有温湿度监控系统、电子门禁监控系统、消防和安防监控系统等现代化管理设备，档案库房实现出入人员自动跟踪记录、档案库房温湿度监控调节、库房24小时消防安防监控和自动报警，为档案库房和档案实体安全管理提供可靠的硬件保障。配有档案密集架、中央空调、扫描仪、复印机、传真机、计算机、打印机、数码相机、防磁柜、碎纸机、去湿机、消毒柜等硬件设施。

学校领导重视档案业务建设，严抓档案业务水平和业务能力建设，制定和完善档案工作各项规章制度，取得了显著成绩。2007年我校作为全省唯一一所高校列入福建省贯彻国家档案局8号令的试点单位，负责起草高校《文件档案归档范围和保管期限表》，为我省其他高校在修订归档范围和保管期限表中遇到的共性困难和问题，提供了有益的解决模式；2008年我校作为全省唯一一所高校被福建省档案局评为“2003-2007年度档案规范化管理先进单位”，各项业务指标综合评比名列省直机关前茅；2008年我校被福建省档案局评为“2005-2007年度省直单位档案工作先进协作组组长单位”；我校在档案普法宣传教育中表现突出，2010年被福建省档案局、福建省司法厅授予“福建省五五档案法制宣传教育先进单位”；2011年我校被福建省档案局授予“省直单位档案登记工作先进单位”；2014年国家档案局科研项目成果《各级国家综合档案馆档案信息安全保护模式的研究》获得“国家档案局优秀科技成果三等奖”；2014—2021年我校连续被福建省高等教育学会档案专业委员会授予“福建省高校档案学术论文优秀组织奖”；2016—2021年我校连续被福建省高等教育学会档案专业委员会评为“福建省高校档案宣传信息工作先进单位”；2018年我校2人被评为“福建省首批档案专家”（全省高校仅3人）。

档案馆注重加强学术研究和探索，近年来，档案工作人员共发表专业论文50多篇，68%的论文发表在《档案学研究》《中国档案》等中文核心期刊上。1人被授予“中国高等教育学会档案工作分会先进个人”； 11篇论文获“福建省档案学优秀论文三等奖”；1篇论文获“福建省高等教育学会档案专业委员会优秀论文一等奖”；5篇论文获“福建省高等教育学会档案专业委员会优秀论文二等奖”；2篇论文获“中国高等教育学会档案分会优秀论文三等奖”。1人研究成果获“中国高等教育学会档案工作分会档案工作研究优秀成果二等奖”、“2016年省档案学会学术年会优秀论文一等奖”；1人研究成果获“2016年福建省档案学会学术年会优秀论文二等奖”、“2016年福建省第十一届社会科学优秀成果青年佳作奖”。档案馆主要负责和承担国家档案局、中央档案馆《各级国家综合档案馆档案信息安全保护模式的研究》《数字档案馆安全保护体系的构建》《乡村记忆档案的保护与开发》等科研项目研究；承担中国高等教育学会档案工作分会《大数据环境下高校档案数据治理与备份存储技术研究》（重点项目）、《高校档案微信服务质量评价与优化策略研究》等科研项目研究；承担福建省社科基金项目《乡村振兴战略视角下乡村记忆档案的保护与开发》课题研究；承担福建省教育厅社会科学研究A类项目《电子政务环境下电子文件管理与安全策略研究》《闽台高校档案网站建设比较及启示》等课题研究。此外还参与了国家社科基金项目、福建省科协学科发展报告课题和有关企业横向课题的研究，在档案科研项目研究和创新探索上迈出了新的一步。